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Para actualizar joomla desde la versión 3.6.0 a la versión 3.6.1 hay que llevar a cabo unas tareas especiales por culpa de un bug que apareció en esta nueva versión 3.6.1 De hecho debemos actualizarnos a la versión 3.6.2 para corregirlo.
En primer lugar hay que desactivar la capa FTP. Para hacerlo debemos ir a Sistema -> configuración global -> servidor -> configuración del FTP -> deshabilitar capa FTP.
El segundo paso es actualizar Akkeba Backup a la versión 5.1.4 si la tenemos instalada.
El tercer y último paso es actualizar joomla a la versión 3.6.2.